Q: 相互リンクについてお聞きします。

Ａ：

http:// https:// とのサイトでしたら、後者の方が効果があるとかありますか？

これは全く効果に違いはありません。どちらでも同じ効果があります。
ただし、将来https:のURLのページがGoogleにより格段に評価が上がることがあれば、それに伴いhttps:のURLのページからのリンクのほうが効果が高いことは考えられます。