Q: Googleで表示される地図上位表示の順番も、パンダアップデートやペンギンアップデートの際には大きく変わるのでしょうか？

またそれ以外でも常に小さいながらも順位の入れ替わりはあるんでしょうか？

Ａ：

それはありえます。以前私が米国の研修で地図上位表示の専門家のセミナーを受けたとき、ベニスアップデートというアップデートを行った2012年以来、地図のリンク先のサイトの内容(実際にその地域に存在しているかどうか等)とサイトの品質も、地図の検索順位に反映されるということが発表されております。
ですので、間接的にはなりますが、ペンギンアップデートやパンダアップデートにより地図の順位も影響を受けているはずです。